湘雅医学院自1914年创办，到西迁贵阳后的1940年7月，一直是私立院校。抗战时期，为延续办学，必须避战火，迁贵阳。此前，作为湖南省境内，一直由湖南省政府财政与雅礼协会时断时续支持的湘雅医学院，因战事持久，雅礼协会的援助不能保证，湖南省政府支持办学的经费越来越少，而学校的办学经费捉襟见肘。湘雅医学院西迁前，经济预算就不易平衡，西迁后的1938年10月至1940年6月，共用去364152.43元。学校无任何基金,常年经费主要靠湖南省政府津贴和教育部少数辅助费,平均每年不足80000元。到1941年底，学校将形成110000元的赤字。学院所以能够搬迁和在贵阳复院，是由于接受了不同来源的捐赠，特别是中华基金会、美国雅礼会和罗氏基金会的资助。但这些捐赠多为临时性质，远不敷用。因此，学院举了沉重的债务。迅速解决经费来源，是维持办学生存的关键。为此，身为院长的张孝骞教授迫不得已，发起了争取湘雅医学院由私立改为国立的运动，目的旨在取得中央财政的支持，拓宽办学经费。 

1939年12月9日，张院长赴重庆向教育部提交湘雅医学院国立案申请，教育部部长陈立夫原则上同意接受。经张院长的不断努力，加上时任民国政府卫生署署长颜福庆博士（湘雅首任校长），教育部部长陈立夫等人的支持，1940年6月11日，民国政府国务院第469次会议通过湘雅医学院国立案。8月13日，民国政府教育部颁发高字第26401号训令，公布私立湘雅医学院改为国立的办法，使湘雅医学院由私立变成了国立，从而增加了办学经费的一道来源。随后，院长张孝骞亲自择定的国立湘雅医学院院训为：“公勇勤慎、诚爱谦廉”。国立后，湘雅每年得到民国政府教育部拨给的教育经费20万元，从而缓解了经济困难，维持了办学的运转。在湘雅医学院由私立改为国立的问题上，顾仁等雅礼协会的成员一直不能理解。

学院虽然由私立变成了国立，但湘雅旗帜下的湘雅医院、湘雅高级护士职业学校直至1951年12月8日前，仍为私立体制。 

国立时的定名之争

心系湘雅医学院国立之事的张孝骞院长，自1939年12月9日赴重庆向教育部提交湘雅国立案申请、教育部部长陈立夫原则上同意接受起，到1940年5月，他得到消息：民国政府国务院拟将湘雅定名为“国立湖南医学院”。对此，张院长在立争叫“国立湘雅医学院”的名称时，于1940年6月4日就学院国立之事特致专函给在长沙的止斋（肖元定）兄，可看出其苦心。信的全文如下： 

止斋吾兄：

弟五月二十七日到渝接洽中央医院事，大约该院即迁，一年内可望不影响吾院在筑之事业。同时，弟赴教部、行政院接洽院事，悉国立事已水到渠成。大约克师离渝前曾力为进行。克师对国立事异常重视，伊既脱离政署，对此最后机会，决不放松也。弟晤孔院长及部长时，似对此问题十二分关切，该案已由教部呈行政院，现在审查期间，据胡彦远先生告知，决可通过，内容甚佳，定年支20万元（省津贴在外），自29年八月起实行，惟有一点，校名须改称国立湖南医学院。弟当向部、院陈述沿革及与雅礼会之关系，力争保留湘雅原名并已恳允。（克）九师及何重事？闻说惟部方从国家立场，难望允许，即行政院诸人亦力劝不必因名义问题而错过此机会，并举各校改名先例，将来似可注明原称学校历史及地址，丝毫无害。弟认：责任所在，不能不向校董会方面请示，乞探明夙公所在地，兄亲往请示。如在新化，亦请一行（旅费由院动支，不必向医院领取）。兹事重大，关系母校将来也。如夙公不赞成改名，请代恳其策划一二，若不坚持，弟有下之方案，请代承商：（一）学院国立后直隶教部，省津贴仍望维持；（二）改组董事会为湘雅医学中心董事会（或用更适当之名），仿上海医学中心先例，保管财产，管理湘雅医院、湘雅护士学校及以后私人捐款，仍与雅会密切合作；（三）医学院与湘雅医学中心订立？湘雅医院及护校之合作办法，俾现有关系仍不更改。 

上述办法有数优点：董事会可保存（夙公曾有是主张），雅礼会贡献可不断，将来母校事业可望得公私调济，更有伸缩之余地。弟在渝商之各与校有关系之人，均认为尚可采用此方法，不必先询教部。将来合作办法，呈教部，备案已足也。若夙公赞成此项主张，乞速电示，以便遵办克师处。弟已飞函就商，勿此。弟候 

台安！ 

弟骞

六月四日 

1940年8月13日，民国政府教育部颁发高字第26401号训令时，终于维持了“国立湘雅医学院”这一名称。